La documentazione ha avuto una sistemazione archivistica non omogenea in quanto nel 1863 il ministero delle finanze decise di dare un ordinamento per materia alle carte dell'archivio generale delle finanze rimaste prive dei mezzi di corredo originari. Pertanto si estrapolarono dai fondi di provenienza (ministero di finanze 1816-1861; azienda di finanze 1817-1853) una parte notevole di atti e classificati secondo un nuovo ordine, vennero divisi in due parti: una per gli anni 1816-1860 e una per gli anni successivi all'unificazione del regno fino al 1862.
Il fondo così riordinato prese il nome, consolidato dall'uso di Archivio sistemato. Il nuovo ordinamento però non investì l'intera documentazione dell'archivio finanziario e pertanto accanto alla documentazione sistemata per materia si trovano nuclei di documentazione individuati secondo le amministrazioni di provenienza.